Protokolle regeln den Informationsaustausch zwischen den Datenendgeräten und sorgen für einen Datentransfer ohne Datenverlust. Sie beinhalten Übereinkünfte über Datenformate, Zeitabläufe und Fehlerregulierung. Ein einzelnes Protokoll regelt dabei spezifische Funktionsbereiche. Den Datenaustausch zwischen mrs Server und Telefonanlagen regeln die Protokolle SIP, EDSS1, QSIG, TCP/IP, H.323 sowie CORNET und ABC-F als herstellerspezifische Protokolle und die Protokoll-Stacks TAPI, CSTA und TSAPI.
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Mit einer installierten Basis von mehr als 1,8 Millionen Lizenzen weltweit zählt cycos zu den Branchenführern von marktreifen Unified Communications Lösungen.